Зто выражение первоначально означало совсем не то, что сейчас.

Эта фраза восходит к древнему способу излечивать раны, обрабатывая их ножом и прижигая огнем; отсюда возникло изречение древнегреческого врача Гиппократа: Что не исцеляет лекарство, что не может исцелить железо, то исцеляется огнем.

Позднее, у римских поэтов I в. до н.э. выражение огнем и мечом получило значение: уничтожать неприятеля мечом и пожарами.